เมื่อไวรัสถูกส่งออกไปแล้ว จะมีระยะที่ผู้ติดเชื้อไม่แสดงอาการใดๆ นี้เรียกว่าเฟส เงียบและช่วงหลังมีระยะเวลาระหว่าง 2 ถึง 21 วัน ในช่วงเวลานี้จะไม่สามารถตรวจพบไวรัสในเลือดได้ เนื่องจากไวรัสมีปริมาณต่ำเกินไป และบุคคลนั้นไม่สามารถรักษาได้

จากนั้นอาการหลักแรกของโรคไวรัสอีโบลาก็ปรากฏขึ้น ห้าอาการที่ชัดเจนที่สุดคือ:

• เริ่มมีไข้อย่างกะทันหันพร้อมกับหนาวสั่น
• โรคอุจจาระร่วง;
• อาเจียน;
• ความเหนื่อยล้าที่รุนแรงมาก
• สูญเสียความกระหายอย่างมีนัยสำคัญ (อาการเบื่ออาหาร)

อาจมีสัญญาณอื่น ๆ :

• ปวดหัว;
• อาการปวดเมื่อยกล้ามเนื้อ;
• อาการปวดข้อ
• จุดอ่อน;
• ระคายเคืองคอ;
• อาการปวดท้อง;

และในกรณีที่รุนแรงขึ้น:

• ไอ;
• ผื่นที่ผิวหนัง;
• อาการเจ็บหน้าอก
• ตาแดง;
• ภาวะไตวายและตับวาย
• เลือดออกภายในและภายนอก